Lojistik operasyonlarında güvenlik, her aşamada önemlidir. Depo ve tesislerde fiziksel güvenlik önlemleri alınmalı, çalışanların eğitimi ve bilinçlendirilmesi sağlanmalıdır. Ayrıca, taşıma sırasında ürünlerin güvenliği için izleme ve takip sistemleri kullanılmalıdır.